Caracterización de Candida spp. aisladas a partir de urocultivos en la ciudad de Medellín / Characterization of Candida spp isolated from urine cultures of Medellín

Resumen Candida spp. es un agente etiológico importante en infecciones del tracto urinario, principalmente en población con terapia antimicótica de amplio espectro y con catéteres urinarios. Candida albicans es la especie más frecuente, pero otras especies han surgido como patógenos emergentes. En este trabajo se recolectaron aislamientos de Candida spp. de urocultivos de pacientes que consultaron en Dinamica IPS entre enero 2016 y noviembre 2017. Para estimar la frecuencia de las especies y observar los patrones de sensibilidad, se realizó la identificación fenotípica y su perfil de sensibilidad con el sistema comercial Vitek 2® (BioMérieux, Inc.), adicionalmente se evaluaron mediante análisis de las secuencia y filogenética ITS1-5.8S-ITS2. En el estudio se incluyeron 78 aislamientos de Candida spp. Las frecuencias de especies de Candida identificadas empleando las herramientas moleculares fueron: C. albicans (38,5%), C. tropicalis (23,1%), C. glabrata (21,8%), C. parapsilosis (10,3%), C. metapsilosis y C. krusei (2,5%) y C. guillermondi (1,3%). La identificación por métodos moleculares y por el sistema Vitek 2 fue: C. albicans (93,3%), C. glabrata (94,1%), C. tropicalis (83,3%), C. parapsilosis (75%) C. guilliermondii y C. krusei (100%). La sensibilidad de todos los aislamientos al fluconazol fue 93,6%.

Abstract Candida spp is an important etiologic agent in urinary tract infections, mainly in patients in broad-spectrum antifungal therapy, with urinary catheters. Candida albicans is the most frequent specie; but other species have arised as emerging pathogens. In this study, isolates of Candida spp. of urine cultures from patients who consulted in Dinamica IPS between January 2016 and November 2017 were evaluated. To estimate the frequency of the species and to observe the sensitivity patterns, the phenotypic identification and its sensitivity profile was performed employed the Vitek 2® commercial system. (BioMérieux, Inc) In addition the isolates were evaluated by sequence analysis and phylogenetics ITS1-5.8S-ITS2. This study included 78 isolates of Candida spp. The frequencies of Candida species identified using the molecular tools were: C. albicans (38.5%), C. tropicalis (23.1%), C. glabrata (21.8%), C. parapsilosis (10.3%), C. guillermondi (1.3%) and C. metapsilosis and C. krusei (2.5%). The identification by molecular methods and by Vitek 2 system were: C. albicans (93.3%), for C. glabrata (94.1%), C. tropicalis (83.3%), C. parapsilosis (75%) and 100% for C. guilliermondii and C. krusei.. fluconazole sensitivity of all isolates was 93.6%

Evaluación de una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcusagalactiae en mujeres gestantes de Medellín que consultan en Dinamica IPS / Evaluation of a real-time PCR technique to determine colonization by Streptococcus agalactiae in pregnant women of Medellín who consult in Dinamica IPS

Objetivo: Evaluar una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcus agalactiae en mujeres gestantes de Medellín. Materiales Y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo prospectivo, en 150 mujeres gestantes, seleccionadas de forma aleatoria, en una IPS en el periodo comprendido entre Enero-Julio 2016. Criterio de inclusión: Ser gestante entre la semana 35-37, declaración voluntaria de participación en el estudio y de exclusión el uso de antibióticos. A las pacientes, se les tomó muestra con hisopo de lintroito vaginal y de la región anal. Las muestras se procesaron para qPCR, cultivo en caldo selectivo con posterior siembra en agar sangre de carnero y medio cromogénico para S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto,BioMérieuxSA.). Resultados: La prevalencia de colonización por S. agalactiae en las gestantes fue de 20,9% y 22,3% en agar sangre y agar cromogénico STRB respectivamente, mientras que mediante PCR en tiempo real la prevalencia fue de 36%. Al comparar la qPCR con la prueba de oro se encontró: sensibilidad 79,31% (ICdel95%:0,61-0,90), especificidad 75,45% (IC del 95%: 0,66-0,82), valor predictivo positivo 46% (IC del 95%:0,32-0,59) y negativo 93,2% (IC del 95%: 0,86-0,96). Discusión: Elempleo de la qPCR permitió aumentar la sensibilidad y la oportunidad diagnostica (Eltiempo requerido empleando elcultivo fue de 24-48 Horas y por qPCR 6 horas) ,impactando la reducción de riesgos de transmisión neonata lde S.agalactiae, lo cualpodría representar una Disminución en días de estancia y costos hospitalarios por una infección prevenible.

Materials and Methods: A prospective and descriptive study was conducted in 150 pregnant women, randomly selected, at an IPS between January and July 2016. Inclusion criteria: gestation period week 35-37, voluntary declaration of participation in the study. Exclusion criteria: the use of antibiotics. Samples were taken from the vaginal introitus and the anal region using a hyssop and processed for qPCR as well as the gold standard test [selective broth culture with subsequent culture in blood agar and chromogenic medium for S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto, BioMérieux SA)]. Results: The prevalence of colonization by S. agalactiae in pregnant women was 20.9% and 22.3% in blood agar and chromogenic agar STRB respectively, where as using qPCR the prevalence was 36.0%. The time required using the culture was 24-48h compared to 6h for qPCR. Our data comparing qPCR with the gold standard test showed: sensitivity 79.31% (95% CI: 0.61-0.90), specificity 75.45% (95% CI: 0.66-0.82), positive predictive value 46.0% (95% CI: 0.32-0.59) and negative 93.2%(95% CI: 0.86-0.96). Discussion: The use of the qPCR increased the sensitivity and the diagnostic opportunity (4x to 8x faster using qPCR), which can lead to a decrease in the risk of neonatal transmission of S. agalactiae and result in a reduction in the length of hospital stay and costs induced by a preventable infection.

Detección de Helicobacter pylori en muestras de agua y biopelícula de los grifos de las instituciones educativas oficiales en la ciudad de Medellín / Detection of Helicobacter pylori in water and biofilm samples from faucets of official educational institutions in the city of Medellin

Resumen Introducción: Helicobacter pylori (Hp) es uno de los agentes infecciosos etiológico de la gastritis crónica, el linfoma de MALT, el adenocarcinoma gástrico y del cáncer gástrico y puede ser transmitido a través del agua. Objetivo: determinar la presencia de Hp por medio de cultivos y PCR en muestras de agua y biopelícula de los grifos de las instituciones educativas oficiales de la ciudad de Medellín, y la presencia de algunos factores de riesgo para la contaminación del agua. Material y métodos: en 194 instituciones educativas del municipio de Medellín, 2010-2011, se tomó una muestra de agua y biopelícula del grifo, las cuales se sembraron en agar HPSPA y se les realizó una prueba de PCR directa convencional con el gen ureA. Además, se realizó una encuesta para evaluar factores de riesgo como antigüedad de la edificación, estado físico y material de los grifos, presencia de tanques o pozos de agua para consumo, disponibilidad de agua potable y disponibilidad de fuentes de agua diferentes a las del acueducto municipal. Resultados: la frecuencia de ADN de Hp por la prueba de PCR en agua y biopelículas fue del 2.1% en cada tipo de muestra y por cultivo fue de 11.3% tanto en agua como en biopelícula. Las muestras de agua positivas por PCR correspondieron a las instituciones educativas ubicadas en Manrique, Villa Hermosa, San Javier y Guayabal, Las muestras de biopelículas positivas estuvieron en los barrios Popular, Villa Hermosa, Palmitas y en Santa Elena. Conclusiones: Hp fue detectado en las muestras de agua y biopelícula obtenidas de las instituciones educativas oficiales de Medellín y se pudo determinar por cultivo en HPSPA y por PCR con el gen ureA. Sin embargo, ninguno de los factores de riesgo estudiados fueron predictores para la contaminación. (Acta Med Colomb 2017; 42: 121-128).

Abstract Introduction: Helicobacter pylori (Hp) is one of the etiological infectious agents of chronic gastritis, MALT lymphoma, gastric adenocarcinoma and gastric cancer and can be transmitted through water. Objective: to determine the presence of Hp by means of cultures and PCR in samples of water and biofilm of the faucets of the official educational institutions of the city of Medellin, and the presence of some risk factors for water contamination. Material and methods: In 194 educational institutions of the municipality of Medellin, 20102011, a sample of water and biofilm of faucet was taken and planted on HPSPA agar and a conventional direct PCR test was performed with the ureA gene. In addition, a survey to evaluate risk factors such as age of the building, physical and material condition of faucets, presence of water tanks or wells for consumption, availability of drinking water and availability of water sources other than those of the municipal aqueduct was carried out. Results: the frequency of Hp DNA by PCR test in water and biofilms was 2.1% in each type of sample and by culture was 11.3% in both water and biofilm. The positive water samples by PCR corresponded to the educational institutions located in Manrique, Villa Hermosa, San Javier and Guayabal. Positive biofilm samples were found in Popular, Villa Hermosa, Palmitas and Santa Elena districts. Conclusions: Hp was detected in the water and biofilm samples obtained from the official educational institutions of Medellin and could be determined by culture in HPSPA and by PCR with the ureA gene. However, none of the risk factors studied were predictors of contamination. (Acta Med Colomb 2017; 42: 121-128).

Reproducibilidad en la lectura de un set de placas de citología cérvico-uterinas en cuatro centros especializados de Medellín, Antioquia / Reproducibility of reading a set of cervical cytology smears in four specialized centers in Medellin, Antioquia

OBJETIVO: evaluar el grado de reproducibilidad en la lectura de placas de citología cérvico-uterina entre cuatro centros de lectura especializados de la ciudad de Medellín, Colombia. METODOLOGIA: 181 placas de citología cérvico-uterina provenientes de un estudio de prevalencia de anormalidades citológicas en Pueblorrico, Antioquia, se sometieron a lectura en cuatro centros especializados de Medellín. Se le pidió a cada centro que realizara una lectura rutinaria manteniendo el estudio en ciego por medio de recodificación de las placas, evitando que se filtrara información entre centros. Se calculó la concordancia general y el índice kappa de Fleiss. RESULTADOS : de las 181 placas, sólo en 55 placas los 4 centros concordaron en el resultado, obteniéndose un porcentaje de concordancia global del 30% y un índice kappa global de 0,31. Según la escala de Fleiss, se observó una baja reproducibilidad en la lectura de las placas citológicas entre los cuatro centros involucrados en el estudio. La concordancia por pares de centros presentó índices de kappa entre 0,3 a 0,7. CONCLUSION:existe una alta variabilidad en la interpretación de los resultados citológicos entre los centros estudiados. Es necesario implementar procesos de entrenamiento y unificación de criterios de lecturas de la citología cervical en nuestro medio.

OBJECTIVE: to assess the degree of reproducibility in the reading of cervical cytology smears among four specialized reading centers at Medellin, Colombia.. METHODOLOGY: 181 cervical cytology smears from a study on the prevalence of cytological abnormalities in Pueblorrico, a town located in the southwestern region of the state of Antioquia in Colombia, were re-read by four specialized centers in Medellin. Each center was asked to conduct a blind routine reading of the smears to avoid disclosure of information between centers. The reproducibility was measured by percentage agreement and kappa. RESULTS :of 181 smears only 55 matched across all 4 centers, with an overall concordance rate of 30% and an overall kappa of 0.31. According to Fleiss scale, poor reproducibility was observed. The concordance between pairs of centers ranged between 0.3 y 0.7. DISCUSSION:there is a high variability in the interpretation of cytological results among centers in Medellin. It is necessary to implement training processes and to unify readings for cervical cytology criteria.

Prevalencia de anormalidades de células epiteliales y factores asociados en mujeres de un municipio rural colombiano / Prevalence of epithelial squamous cell abnormalities and associated factors in women of a rural town of Colombia

Introducción. A pesar de la existencia de los programas de tamización basados en la citología, las tasas de cáncer de cuello uterino permanecen estables en Colombia. La descripción de los factores asociados a las lesiones precursoras de cáncer de cuello uterino es necesaria para establecer estrategias para su prevención.Objetivo. Determinar la prevalencia de las anormalidades de células epiteliales escamosas y su asociación con los factores de riesgo descritos. Materiales y métodos. Estudio transversal de población en 739 mujeres, seleccionadas en forma aleatoria. La información se recolectó mediante la citología y un cuestionario previamente validado. La medida de asociación fue la razón de prevalencia con su respectivo intervalo de confianza del 95 por ciento. Las variables de confusión fueron controladas en un modelo de regresión logística multivariado. Resultados.La prevalencia del evento fue de 15,8 por ciento. Entre las mujeres con citología anormal, 10 por ciento presentó células escamosas atípicas de significado indeterminado; 3,9 por ciento, lesión escamosa intraepitelial de bajo grado, y 1,9 por ciento, lesión escamosa intraepitelial de alto grado. La regresión logística ajustada sugiere que los antecedentes de enfermedades de transmisión sexual, una citología anormal y tener dos o más parejas regulares/ocasionales durante la vida se asocian con la presencia del evento. Conclusiones. La relación de anormalidades de células escamosas con conducta sexual refleja la asociación entre el virus del papiloma humano y lesiones preneoplásicas de cáncer de cuello uterino. El uso frecuente y el adecuado conocimiento sobre la citología, sugiere que aspectos tales como las dificultades con la calidad de la citología o el acceso al diagnóstico y tratamiento, pudieran explicar las altas tasas de cáncer de cuello uterino.

Prevalencia de Staphylococcus aureus resistente a meticilina en personal de la unidad de terapia intensiva de la Clínica Universitaria Bolivariana, Medellín 2004 / Prevalence of personnel of the intensive of Medellín 2004

Objetivos. Se determinó la prevalencia de Staphylococcus aureus resistente a meticilina en el personal de la unidad de terapia intensiva de la Clínica Universitaria Bolivariana y la prevalencia de S. aureus en fosas nasales y faringe en la misma población. Metodología. En este estudio descriptivo, se tomaron muestras de fosas nasales y faringe de 45 trabajadores de la unidad de terapia intensiva. Las muestras se sembraron en agar sangre de cordero, a partir del cual se repicaron las colonias de Staphylococcus spp. identificadas por medio de la coloración de Gram y la prueba de catalasa. Mediante la prueba de la coagulasa en tubo y la fermentación del manitol, se confirmaron como S. aureus. A estos aislamientos se les determinó la sensibilidad a antibióticos por el método de Kirby-Bauer. Una vez establecida la resistencia a oxacilina a través del antibiograma, ésta se confirmó con la prueba de tamizaje en Mueller-Hinton con suplemento de oxacilina (6 µg/ml) y NaCl (4%). A los aislamientos SARM confirmados se les realizó el tamizaje de difusión por disco - con cefoxitina- para la predicción de la resistencia a meticilina mediada por el gen mecA. Los datos tabulados en Excel se analizaron en SPSS. Resultados. Laprevalencia de Staphylococcus aureus resistente a meticilina fue de 6,7%. La región anatómica en la que se obtuvo el mayor número de aislamientos correspondióa las fosas nasales.

Objective. Our objective was to determine the prevalence of methicilin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and methicilin sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) in the nasal cavity of the personal that labours at the intensive care unit at the Clínica Universitaria Bolivariana. Methodology. In this descriptive study, samples from nasal cavity and pharynx were taken from 45 members of the Intensive Care Unit staff. The samples were seed on plates nurtured with lamb’s blood agar from which we isolated S. aureus colonies that were identified by means of the Gram coloration and the catalase. Coagulase test and manitol fermentation were perfomed in order to confirm S. aureus. The antibiotic sensitivity was determined by the Kirby Bauer method. The oxacillin resistance was confirmed with the Mueller Hinton screening test in oxacillin (6 mg/ml) and NaCl (4%) supplemented media. A diffusion screen test on disk with cefoxitin was performed to MRSA strains to predict whether the methicilin resistance was mediated by the mecA gen. The data was tabulated in Excel and analyzed in SPSS. Results. The prevalence of MRSA was 6.7%. Nasal cavity was the most common anatomical site from which the isolated came.